Acta Palaeontologica Romaniae s-a născut în 1997, odată cu primul Simpozion Naţional de Paleontologie, la iniţiativa profesorului Ovidiu Dragastan, cu scopul expres de a publica într-un volum lucrările prezentate în cadrul simpozionului, în limba engleză, pentru a oferi volumului o circulație cât mai largă. Conceput ca un volum de "proceedings" editat şi publicat de organizatorii simpozioanelor de paleontologie sub egida Societăţii Paleontologilor din România, Acta Palaeontologica Romaniae şi-a continuat apariţia la fiecare doi ani, în paralel cu simpozioanele organizate la Cluj, Iaşi şi Bucureşti, ajungând în 2011 la cel de al şaptelea volum.

La recentul Simpozion Naţional de Paleontologie organizat la Bucureşti în septembrie 2011, membrii SPR  au hotărât transformarea acestui volum într-o revistă bianuală, cu apariţie regulată, care să depăşească graniţele unui volum de proceedings şi să fie deschisă unei comunităţi paleontologice cât mai largi, continuând în același timp să ofere platforma de publicare a lucrărilor prezentate la conferințele naționale viitoare.

Publicată în continuare sub egida Societăţii Paleontologilor din România, și conform profilului devenit deja tradițional, revista Acta Palaeontologica Romaniae îşi propune publicarea de articole din domeniul larg al paleontologiei şi paleoecologiei, şi a unor domenii conexe paleontologiei (e.g. stratigrafie, sedimentologie sau conservarea ariilor cu importanţă geologo-paleontologică).

In acest scop s-a alcătuit o echipă editorială permanentă, susținută de un Board Editorial internaţională, ce acoperă o gamă cât mai largă de domenii legate de paleontologie. Toate articolele care urmează să fie publicate vor fi supuse, ca și până acum, unui proces de peer-review, ajutată de utilizarea unei platforme electronice de trimitere a maniscriselor (oferită de UEFISCDI), pentru a ridica conținutul revistel la standarde internaţionale.

Pentru viitorul apropiat, echipa editorială işi doreşte ca revista să fie supusă unui proces de evaluare în scopul includerii acesteia în ISI Web of Science, fapt care poate constitui o garanţie a aprecierii şi valorii internaţionale a acesteia.